所有珍珠，无论是天然珍珠还是养殖珍珠，都是生物产生的，都是通过珍珠层（贝壳分泌的物质）的分层过程产生的。两者之间的主要区别在于，天然珍珠是通过意外刺激物形成的，而养殖珍珠是通过人工插入称为珠子或核的刺激物形成的。因此，天然珍珠和养殖珍珠之间的区别在于珍珠层分泌过程的开始方式。
辨别养殖珍珠和天然珍珠非常困难。唯一能确定的方法是通过官方宝石学 X 射线检查。
不管珍珠是天然的还是养殖的，珍珠的整体外观和颜色都由贝壳的种类决定。就外观差异而言，天然珍珠的外观更“有机”或更巴洛克，可能不如养殖珍珠那样形状优美或圆润。这是因为插入牡蛎的核是圆形的。然而，由于牡蛎是一种生物，它并不总能保证珍珠是完美的圆形，这种珍珠非常罕见！
另一个区别是天然珍珠和养殖珍珠的稀有性。如今，几乎所有珍珠都是养殖珍珠。天然珍珠极其稀有，大多数天然珍珠床由于过去的过度采收而枯竭——全世界几乎所有的天然珍珠都已被采收！
虽然天然珍珠极为罕见，但海水珍珠同样罕见。南海珍珠尤其罕见，每颗珍珠平均需要四年时间才能长成，因此南海珍珠比钻石稀有约 1000 倍。
因此，养殖珍珠被认为是一种对珍珠产业更环保的做法，因为养殖珍珠不会耗尽野生牡蛎种群。大自然保护协会 (TNC) 提供的研究表明，每年每公顷牡蛎礁的每个珍珠养殖场可以过滤 27 亿升水，去除 225 公斤氮和磷酸盐，捕捞和食用 375 公斤新鱼，为 100 多种海洋物种提供新家园，并去除 10,000 公斤碳。